汚染物質の分析を行うため、重金属類、有機化合物、放射性物質、微生物などの分析機器を整備し、浄化メカニズムの解明に貢献しています。

鉛やヒ素及びカドミウムなどに代表される重金属類（「土壌汚染対策法」では、第二種特定有害物質として指定）の分析が可能な機器です。

現場でのスクリーニング調査に対応可能な携帯型蛍光X線分析装置（XRF）や、卓上XRF、原子吸光分析装置（AA ）及び水溶出、或いは酸抽出液を高感度で分析可能な誘導結合プラズマ発光分光分析装置（ICP-AES）と誘導結合プラズマ質量分析計（ICP-MS、2台）を有しております。

テトラクロロエチレン（PCE）やトリクロロエチレン（TCE）及びベンゼンなどに代表される揮発有機化合物（VOCs）（土壌汚染対策法）では、第一種特定有害物質として指定）の分析が可能な機器です。また、ポリ塩化ビフェニル（PCB）や多環芳香族炭化水素（PAH）及びダイオキシン類（DXN）の分析にも対応可能です。

パックドカラムとキャピラリカラム測定が可能な高性能汎用ガスクロマトグラフ（GC）（3台）、ガスクロマトグラフ質量分析計（GC-MS）（2台）、高速液体クロマトグラフィー（HPLC）及び高速液体クロマトグラフィー/質量分析（HPLC/MS）などを有しております。

空間線量の測定や核種の同定及び放射性物質濃度の分析が可能な機器です。

空間線量のみならず、核種の同定をも可能な携帯型放射線量測定装置を有しております。

土壌・地下水から微生物のDNAやRNAの検出及び微生物の保管・培養が可能な機器です。

土壌試料からの間隙水の抽出・分離装置（高速大容量冷却遠心機）や核酸抽出のためのホモジナイザー（細胞破砕機）、遺伝子の定性・定量分析のためのPCR、リアルタイムPCR、電気泳動装置及びゲル撮影装置、微生物の培養保管のための恒温培養器、ディープフリーザー、オートクレーブ、安全キャビネットなどを有しております。

上記設備のほか、鉱物組成を同定するためのX線回析装置（XRD）、フーリエ変換赤外分光光度計（FT-IR）、水溶液中の陰・陽イオン成分を分析するためのイオンクロマトグラフ（IC）、固体及び液体中の全有機炭素（TOC）・全窒素（TN）を分析するためのTOC/TN装置、全自動元素分析装置（CHNS/O）、溶液中物質の特徴や分子構造を同定し、物質濃度の分析が可能な紫外・可視光分光光度計、比表面積・細孔分布測定装置、難透水性材料を対象とした高精度透水試験装置（グループ員の開発製品）、カラム試験装置、拡散試験装置、多項目水質計、弾性波速度測定装置及び比抵抗分布測定装置など充実した設備を有しております。