研究者紹介

免疫応答を可視化できる系や免疫応答の網羅的な観測データを用いて病原体やがんに対する免疫の分子レベルでの理解を目指しています。また、このような既存の免疫系の詳細を調べる研究だけでなく、「免疫とは何か？」という大きな問いを数理的に理解し応用することを目指した研究も行っています。

１細胞RNA-seqの解析を行う際に、「どのような種類の細胞がいるのか？」「異なる条件間において細胞の種類に違いはあるのか？」という問題を解決する必要が頻繁に生じる。この問題は、細胞集団をどのように同定するか、そして細胞をどのようにクラスタリングするか、という問題に帰着する。 我々は平滑化とリサンプリングを利用した信頼性のある遺伝子制御ネットワーク構築、それを用いてネットワークのダイナミクスを決定する遺伝子を同定する手法を実装した。そしてこれを利用し、細胞のクラスタリング結果を自動的に解析することで、de novoでrationalに細胞種の決定を行う方法を開発した。現在の実装BootCellNet2では、最初に2つのパラメータ、すなわち平滑化のための解像度を決める値と、クラスタリング結果解析のためのカットオフ値の2つの値を決めておけば、ほぼ自動的にクラスタリング結果を得ることが可能となった。