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早大が有する日本有数の生体システムビッグデータや技術アドバンテージに対し、産総研・早大双方の情報解析シーズやデータ解析技術を合わせて生命現象のメカニズムの理解を目指します。
細胞や生物をシステムとして理解することで、

を目指した研究開発を行います。
さらに、産学官ネットワークの構築により、民間企業の参画による「橋渡し」につながる目的基礎研究の強化や、世界標準となる最先端の生命情報解析技術の研究開発を行います。

さらに詳しく

ニュース

2021/10/12
生命機能解析班・井手圭吾さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Recovery of strain-resolved genomes from human microbiome through an integration framework of single-cell genomics and metagenomics』が『Microbiome』に掲載されました。 [HERE]
2021/10/08
元配列解析アルゴリズム班・曽超さん、同班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis』が『BMC Genomics』に掲載されました。 [HERE]
2021/09/23
生命機能解析班・井手圭吾さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Comparative analysis of mitochondrial genomes in Gryllidea (Insecta: Orthoptera): Implications for adaptive evolution in ant-loving crickets』が『Genome Biology and Evolution』に掲載されました。 [HERE]
2021/07/21
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Machine learning approach for discrimination of genotypes based on bright-field cellular images』が『npj Systems Biology and Applications』に掲載されました。 [HERE]
2021/07/15
配列解析アルゴリズム班RA・細田至温さん、同班長・浜田道昭さんらの研究成果『時間経過に伴う細菌相互作用の変化を推定する手法を開発』が早稲田大学WEBサイトで紹介されました。 [HERE]
2021/07/02
元配列解析アルゴリズム班・小野口真広さん、曽超さん、同班長・浜田道昭さんらの論文『Binding patterns of RNA-binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements』が『NAR Genomics and Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2021/06/26
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが責任著者となっている論文『Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins』が『Briefings in Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2021/06/02
生命機能解析班・安武義晃さんが共著者となっている論文『Biochemical and structural properties of entecavir-resistant hepatitis B virus polymerase with L180M/M204V mutations』が『Journal of Virology』に掲載されました。 [HERE]
2021/05/28
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Comparative analysis of the relationship between translation efficiency and sequence features of endogenous proteins in multiple organisms』が『Genomics』に掲載されました。 [HERE]
2021/05/23
元配列解析アルゴリズム班・井内仁志さん、配列解析アルゴリズム班・松谷太郎さん、細田至温さん、同班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Representation learning applications in biological sequence analysis』が『Computational and Structural Biotechnology Journal』に掲載されました。 [HERE]
2021/04/13
元配列解析アルゴリズム班・曽超さん、同班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Long non-coding RNA CRNDE is involved in resistance to EGFR tyrosine kinase inhibitor in EGFR-mutant lung cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR signaling』が『International Journal of Molecular Sciences』に掲載されました。 [HERE]
2021/04/12
配列解析アルゴリズム班・細田至温さん、同班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model』が国際学会ISMB/ECCB2021の口頭発表に採択されました。 [HERE]
2021/04/09
生命機能解析班・玉野孝一さん、CBBD-OIL副ラボ長・油谷幸代さん両名が責任著者となっている論文『Improvement of free fatty acid secretory productivity in Aspergillus oryzae by comprehensive analysis on time-series gene expression』が『Frontiers in Microbiology』に掲載されました。 [HERE]
2021/04/06
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Rational thermostabilisation of four-helix bundle dimeric de novo proteins』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2021/03/29
生命機能解析班・露崎隼さんらの論文『Wake-up alarm: virtual time-lapse gene expression landscape illuminates mechanisms underlying dormancy breaking of germinating spores』が『Current Genetics』に掲載されました。 [HERE]
2021/03/24
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Possible roles for the hominoid-specific DSCR4 gene in human cells』が『Genes & Genetic Systems』に掲載されました。 [HERE]
2021/03/24
配列解析アルゴリズム班・井内仁志さん、同班長・浜田道昭さんの論文『Jonckheere–Terpstra–Kendall-based non-parametric analysis of temporal differential gene expression』が『NAR Genomics and Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2021/03/01
元配列解析アルゴリズム班・Yiqian Zhangさん、同班長・浜田道昭さん両名が責任著者となっている論文『Identification of m6A-associated RNA binding proteins using an integrative computational framework』が『Frontiers in Genetics』に掲載されました。 [HERE]
2021/02/25
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Adipose-derived mesenchymal stem cells differentiate into heterogeneous cancer-associated fibroblasts in a stroma-rich xenograft model』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2021/02/22
生命機能解析班・宮崎亮さんが責任著者となっている論文『Frischella japonica sp. nov., an anaerobic member of the Orbales in the Gammaproteobacteria, isolated from the gut of the eastern honey bee, Apis cerana japonica Fabricius』が『International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology』に掲載されました。 [HERE]
2021/01/20
配列解析アルゴリズム班・曽超さん、小野口真広さん、同班長・浜田道昭さんの論文『Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species』が『Mobile DNA』に掲載されました。 [HERE]
2021/01/01
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんの解説『ゲノムは遺伝子を単語とする文章である(か?)』が『バイオサイエンスとインダストリー』に掲載されました。 [HERE]
2020/12/28
配列解析アルゴリズム班・曽超さん、小野口真広さん、同班長・浜田道昭さんのプレプリント『Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species』がpreLightsで紹介されました。 [HERE]
2020/12/17
配列解析アルゴリズム班・曽超さん、同班長・浜田道昭さんの論文『Detection and characterization of ribosome-associated long noncoding RNAs』が『Methods in Molecular Biology』に掲載されました。 [HERE]
2020/12/12
元生命機能解析班・菅野彩佳さん、元生命機能解析班・山﨑美輝さん、生命機能解析班・富永大介さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんらの論文『Cortical transcriptome analysis after spinal cord injury reveals the regenerative mechanism of central nervous system in CRMP2 knock-in mice』が『Neural Regeneration Research』に掲載されました。 [HERE]
2020/12/03
生命機能解析班・安武義晃さん、CBBD-OIL副ラボ長・油谷幸代さん、元CBBD-OILラボ付・田村具博さんらの論文『Bacterial triacylglycerol lipase is a potential cholesterol esterase: Identification of a key determinant for sterol-binding specificity』が『International Journal of Biological Macromolecules』に掲載されました。 [HERE]
2020/11/19
生命機能解析班・露崎隼さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんらの論文『シングルセルRNA-seq解析から明らかになった分裂酵母の目覚め機構』が『バイオサイエンスとインダストリー』に掲載されました。 [HERE]
2020/11/11
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Predicting antibody affinity changes upon mutations by combining multiple predictors』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2020/10/05
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんの総説『機械学習による生体分子の機能改良』が『JSBi Bioinformatics Review』に掲載されました。 [HERE]
2020/09/25
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが責任著者となっている論文『PBSIM2: a simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores』が『Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2020/09/25
配列解析アルゴリズム班・松谷太郎さん、同班長・浜田道昭さんの論文『Parallelized latent Dirichlet allocation provides a novel interpretability of mutation signatures in cancer genomes』が『Genes』に掲載されました。 [HERE]
2020/09/24
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Existence and possible roles of independent non-CpG methylation in the mammalian brain』が『DNA Research』に掲載されました。 [HERE]
2020/09/10
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんらの論文『放線菌におけるタンパク質生産量向上のための新規コドン最適化技術』が『バイオサイエンスとインダストリー』に掲載されました。 [HERE]
2020/08/31
元生命機能解析班・稲垣拓哉さん、元システムズバイオロジー班・森一樹さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんらの論文『Characterization of a novel alphaherpesvirus isolated from the fruit bat Pteropus lylei in Vietnam』が『Journal of Virology』に掲載されました。 [HERE]
2020/08/23
生命機能解析班班長・安佛尚志さんらが一章の執筆を担当した書籍『Cellular Dialogues in the Holobiont』が出版されました。 [HERE]
2020/08/14
生命機能解析班・玉野孝一さん、元CBBD-OILラボ付・田村具博さんらの論文『Enhancement of the productivity of free dihomo-γ-linolenic acid via co-overexpression of elongase and two desaturase genes in Aspergillus oryzae』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』にオンライン掲載されました。 [HERE]
2020/07/24
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『CodonAdjust: a software for in silico design of a mutagenesis library with specific amino acid profiles』が『Protein Engineering, Design and Selection』に掲載されました。 [HERE]
2020/07/21
生命機能解析班・古藤日子さん、宮崎亮さんが共著者となっている論文『Local necrotic cells trigger systemic immune activation via gut microbiome dysbiosis in Drosophila』が『Cell reports』に掲載されました。 [HERE]
2020/07/18
配列解析アルゴリズム班・曽超さん、同班長・浜田道昭さんの論文『RNA-Seq analysis reveals localization-associated alternative splicing across 13 cell lines』が『Genes』に掲載されました。 [HERE]
2020/07/15
生命機能解析班・玉野孝一さんが共著者となっている論文『Ustiloxin biosynthetic machinery is not compatible between Aspergillus flavus and Ustilaginoidea virens』が『Fungal Genetics and Biology』にオンライン掲載されました。 [HERE]
2020/06/30
『メンバー紹介』 『研究テーマと計画』 ページを更新しました。
2020/06/24
配列解析アルゴリズム班・細田至温さん、元生命機能解析班・西嶋傑さん、配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんらの研究成果『酪酸産生機能を有する新細菌群(C細菌群)をヒト腸内フローラから発見』が早稲田大学WEBサイトで紹介されました。 [HERE]
2020/06/24
配列解析アルゴリズム班・細田至温さん、元生命機能解析班・西嶋傑さん、配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんらの論文『Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation』が『Microbiome』に掲載されました。 [HERE]
2020/06/15
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんらの研究成果『RNAアプタマー創製期間の短縮に有効な新手法RaptRankerを開発』が早稲田大学WEBサイトで紹介されました。 [HERE]
2020/06/15
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが責任著者となっている論文『RaptRanker: in silico RNA aptamer selection from HT-SELEX experiment based on local sequence and structure information』が『Nucleic Acids Research』に掲載されました。 [HERE]
2020/06/11
生命機能解析班・宮崎亮さんがco-senior authorとなっている論文『Vast differences in strain-level diversity in the gut microbiota of two closely related honey bee species』が『Current Biology』に掲載されました。 [HERE]
2020/06/01
元生命機能解析班・木口悠也さんが一節の執筆を担当した書籍『ヒトマイクロバイオーム Vol.2 ~解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線~』が出版されました。 [HERE]
2020/05/07
元配列解析アルゴリズム班・岩田大輝さんらの論文『Intel SGXを用いた個人ゲノム情報解析システム』が『2020年暗号と情報セキュリティシンポジウム』におけるSCIS論文賞を受賞しました。 [HERE]
2020/04/21
生命機能解析班・古藤日子さん、宮崎亮さんらの論文『Deep sequencing uncovers caste-associated diversity of symbionts in the social ant Camponotus japonicus』が『mBio』に掲載されました。 [HERE]
2020/03/23
生命機能解析班・菊池義智さんらの論文『Burkholderia insecticola triggers midgut closure in the bean bug Riptortus pedestris to prevent secondary bacterial infections of midgut crypts』が『The ISME Journal』に掲載されました。 [HERE]
2020/03/23
微生物データ解析班・梅村舞子さんらの論文『Promoter tools for further development of Aspergillus oryzae as a platform for fungal secondary metabolite production』が『Fungal Biology and Biotechnology』に掲載されました。 [HERE]
2020/03/14
配列解析アルゴリズム班・Yiqian Zhangさん、同班長・浜田道昭さんの論文『MoAIMS: efficient software for detection of enriched regions of MeRIP-Seq』が『BMC Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2020/03/13
生命機能解析班・露崎隼さんらの研究成果『細胞の目覚め関連遺伝子を発見 がん細胞増殖抑制創薬に期待 早稲田大学理工学術院』が医薬通信社WEBサイトに掲載されました。 [HERE]
2020/03/11
生命機能解析班・露崎隼さんらの研究成果『早稲田大、細胞の目覚め解明に繋がる遺伝子発見』が日経バイオテクONLINEに掲載されました。 [HERE]
2020/03/09
生命機能解析班・露崎隼さんらの研究成果『早大、分裂酵母細胞が休眠から目覚める際の遺伝子の発現状態の変化について解明』が日本経済新聞電子版に掲載されました。 [HERE]
2020/03/09
生命機能解析班・露崎隼さんらの研究成果『細胞の目覚め解明に繋がる遺伝子発見』が早稲田大学WEBサイトで紹介されました。 [HERE]
2020/03/09
生命機能解析班・露崎隼さんが筆頭著者、元システムズバイオロジー班・有川浩司さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Time-lapse single-cell transcriptomics reveals modulation of histone H3 for dormancy breaking in fission yeast』が『Nature Communications』に掲載されました。 [HERE]
2020/02/28
微生物データ解析班・安武義晃さん、CBBD-OILラボ付・田村具博さんが共著者となっている論文『Electrochemically boosted cytochrome P450 reaction that efficiently produces 25-hydroxyvitamin D3』が『Journal of Catalysis』に公開されました。 [HERE]
2020/02/24
微生物データ解析班・安武義晃さん、CBBD-OILラボ付・田村具博さんが共著者となっている論文『Nrp1 is activated by konjac ceramide binding-induced structural rigidification of the a1a2 domain』が『Cells』に掲載されました。 [HERE]
2020/02/20
微生物データ解析班・安武義晃さんらの論文『Structural features in common of HBV and HIV-1 resistance against chirally-distinct nucleoside analogues entecavir and lamivudine』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2020/02/11
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんらの研究成果『ゲノムDNA転写制御機能を解明』が早稲田大学WEBサイトで紹介されました。 [HERE]
2020/02/11
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Nucleosome destabilization by nuclear non-coding RNAs』が『Communications Biology』に掲載されました。 [HERE]
2020/02/06
生命機能解析班・佐々木裕之さんらの論文『Effect of dose and timing of Burdock (Arctium lappa) root intake on intestinal microbiota of mice』が『Microorganisms』に掲載されました。 [HERE]
2019/12/27
生命機能解析班・佐々木裕之さんらの論文『The timing effects of soy protein intake on mice gut microbiota』が『Nutrients』に掲載されました。 [HERE]
2019/12/19
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells』が『Epigenetics & Chromatin』に掲載されました。 [HERE]
2019/11/16
生命機能解析班・佐々木裕之さんらの論文『Mice microbiota composition changes by inulin feeding with a long fasting period under a two-meals-per-day schedule』が『Nutrients』に掲載されました。 [HERE]
2019/10/24
『論文』 ページを新設しました。
2019/09/06
システムズバイオロジー班・石谷孔司さんらの論文『MitoIMP: A computational framework for imputation of missing data in low-coverage human mitochondrial genome』が『Bioinformatics and Biology Insights』に掲載されました。 [HERE]
2019/09/03
元システムズバイオロジー班・森一樹さん、CBBD-OIL副ラボ長・油谷幸代さんが共著者となっている論文『Cellulase productivity of Trichoderma reesei mutants developed in Japan varies with varying pH conditions』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』に掲載されました。 [HERE]
2019/08/27
元生命機能解析班・西嶋傑さんが共著者となっている論文『Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut』が『Microbiome』に掲載されました。 [HERE]
2019/07/22
配列解析アルゴリズム班・マーティン・フリスさんが共著者となっている論文『Long-read sequencing identifies GGC repeat expansions in NOTCH2NLC associated with neuronal intranuclear inclusion disease』が『Nature Genetics』に掲載されました。 [HERE]
2019/07/08
生命機能解析班・宮崎亮さんが責任著者となっている論文『Community analysis of gut microbiota in hornets, the largest eusocial wasps, Vespa mandarinia and V. simillima.』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2018/06/20
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが責任著者となっている論文『Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids』が『Briefings in Functional Genomics』に掲載されました。 [HERE]
2019/06/19
元システムズバイオロジー班・Arturo Magana-Moraさん、微生物データ解析班・安武義晃さん、CBBD-OIL副ラボ長・油谷幸代さんが共著者、CBBD-OILラボ付き・田村具博さんが責任著者となっている論文『Production of recombinant extracellular cholesterol esterase using consistently active promoters in Burkholderia stabilis』が『Biosci Biotechnol Biochem』に掲載されました。 [HERE]
2019/06/10
配列解析アルゴリズム班・岩田大輝さん、清水佳奈さんの論文『属性ベース暗号とIntel SGXを用いた堅牢かつ柔軟なアクセス制御を実現するデータ分析プラットフォームの構築』が『研究報告数理モデル化と問題解決(MPS)』に掲載されました。 [HERE]
2019/06/06
配列解析アルゴリズム班・齋藤裕さんらの論文『Developing a codon optimization method for improved expression of recombinant proteins in actinobacteria』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2019/06/06
生命機能解析班・菊池義智さんが共著者となっている論文『Burkholderia gut symbionts associated with European and Japanese populations of the dock bug Coreus marginatus (Coreoidea: Coreidae)』が『Microbes and Environments』に掲載されました。 [HERE]
2019/05/31
生命機能解析班・森山実さんが共著者となっている論文『Morphogenesis and development of midgut symbiotic organ of the stinkbug Plautia stali (Hemiptera: Pentatomidae)』が『Zoological Letters』に掲載されました。 [HERE]
2019/05/28
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭さんが責任著者となっている論文『a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data』が『Frontiers in Genetics』に掲載されました。 [HERE]
2019/05/18
配列解析アルゴリズム班班長・浜田道昭教授(早稲田大学)らの論文『LncRRIsearch: A Web Server for lncRNA-RNA Interaction Prediction Integrated With Tissue-Specific Expression and Subcellular Localization Data』が『Frontiers in Genetics』に掲載されました。 [HERE]
2019/04/22
システムズバイオロジー班TS・森一樹さんらの論文『A comprehensive reference transcriptome resource for the Iberian ribbed newt Pleurodeles waltl, an emerging model for developmental and regeneration biology』が『DNA RESEARCH』(OXFORD UNIV PRESS 社)に掲載されました。 [HERE]
2019/04/16
配列解析アルゴリズム班・浜田道昭班長(早稲田大学教授)、松谷太郎さん(RA)らの論文『Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference』が『Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2019/03/05
ベルサール汐留で開催された早稲田オープン・イノベーション・フォーラム 2019に出展しました。 [HERE]
2019/02/25
沖縄科学技術大学院大学にて5th Core-to-Core International Symposium 『3D Lab-Exchange Program』を開催しました(共催:早稲田大学(TWIns),早稲田バイオサイエンスシンガポール研究所(WABIOS),沖縄科学技術大学院大学(OIST),ボン大学(LIMES),イタリア技術研究所(IIT),産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL),早稲田大学研究ブランディング事業)。 [HERE]
2018/10/25
シンガポールのポリテクニック高等技術専門学校にて2018 Core-to-Core Symposium『Biotechnology Toward Next Generation single cell Analysis』を開催しました。(共催:早稲田バイオサイエンスシンガポール研究所、シンガポールポリテクニック高等技術専門学校、早稲田大学)
2018/10/01
生命機能解析班班長・安佛尚志さんの『ゾウムシの硬さを支える極小ゲノムの共生細菌』が月刊誌『昆虫と自然』第53巻第11号: 19-22頁(ニュー・サイエンス社)に掲載されました。

技術の産業界へ:CBBD-OILフォーラム

CBBD-OILでは、関係する製薬・食品・健康産業の現場で必要としているニーズを抽出しながら、それを実現するための情報解析技術の開発とデータ解析を行っています。
生命系で測定される各種オーミクスデータをはじめ、臨床データ、各種生活情報等の異なった形式のデータを統合的に解析することで得られる新規知見の産業界への橋渡しを目的としています。

一言で生命情報解析(バイオインフォマティクス)といっても、配列解析から発現解析、システム生物学的アプローチ等、課題によって最適の技術は異なります。
本ラボでは、各社が興味を抱いている技術や研究等のご相談を受けたのち、必要に応じてNDAを締結いたします。
そのうえで、実際に企業が必要とするデータ解析や技術指導、技術コンサルティングを明確にしたのち、その分野の専門家による技術指導・サポートをオンデマンドで実施します。