環境創生研究部門の歴史は1920年に設立された燃料研究所、及び1949年に設立された鉱業技術試験所に端を発します。これらの研究所は1952年に資源技術試験所へと統合された後、時代と環境問題の移り変わりに伴い、1970年に公害資源研究所 、1991年に資源環境技術総合研究所へと組織変更されます。2001年に独立行政法人産業技術総合研究所が発足した際には、環境管理研究部門およびエネルギー技術研究部門として組み込まれました。環境管理研究部門はその源流となった研究所のDNA「資源と環境の両立」を引き継ぎつつ、2020年4月に環境創生研究部門へと生まれ変わりました。