産総研・早大　生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ｜AIST-Waseda University Comptational Bio Big-Data Open Innovation Laboratory

ニュース

2024/10/24: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが共著者となっている論文『Targeted nanopore sequencing using the Flongle device to identify mitochondrial DNA variants』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE] New!
2024/10/17: 生体分子情報解析班班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『The MTR4/hnRNPK complex surveils aberrant polyadenylated RNAs with multiple exons』が『Nature Communications』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「異常な病的タンパク質を作らないために―mRNAの品質を管理する仕組みの発見―」が早稲田大学ホームページに掲載されました。 [HERE]
2024/10/07: 生体分子情報解析班RAの小菅将斗さんが筆頭著者、同班長の浜田道昭さんが責任著者となっている論文『Landscape of evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2024/09/16: 生体分子情報解析班RAの小菅将斗さんが、「生命情報科学若手の会第16回研究会」でBest Activator Awardを受賞しました。
2024/09/10: 生体分子情報解析班の班長・浜田道昭さんが責任著者となっている論文『 Prediction of antibiotic resistance mechanisms using a protein language model 』が『Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2024/08/31: シングルセルデータ解析班RAの諏訪駿之介さんが筆頭著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんらが責任著者となっている論文『In situ Raman hyperspectral analysis of microbial colonies for secondary metabolites screening 』が『Analytical Chemistry』に掲載されました。 [HERE]
2024/08/16: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが筆頭・責任著者となっている論文『A simple method for finding related sequences by adding probabilities of alternative alignments』が『Genome Research』に掲載されました。 [HERE] New!
2024/08/06: シングルセルデータ解析班の西川洋平さんが、2024年度日本生物工学会東日本支部長賞を受賞しました。 [HERE]
2024/07/30: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが責任著者の論文『Evolution and subfamilies of HERVL human endogenous retrovirus』が『Bioinformatics Advances』に掲載されました。 [HERE]
2024/07/08: シングルセルデータ解析班の安武義晃さんが筆頭著者となっている論文『Deviated binding of anti-HBV nucleoside analog E-CFCP-TP to the reverse transcriptase active site attenuates the effect of drug-resistant mutations』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2024/07/08: シングルセルデータ解析班の西川洋平さん、同班RA我妻竜太さんが共同筆頭著者、同班・細川正人さんが共著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共責任著者となっている論文『Large-scale single-virus genomics uncovers hidden diversity of river water viruses and diversified gene profiles』が『The ISME Journal』に掲載されました。 [HERE]
2024/07/08: CBBD-OIL副ラボ長・鴫直樹さんが共責任著者となっている論文『Functional redundancy of ubiquitin-like sulfur-carrier proteins facilitates flexible, efficient sulfur utilization in the primordial archaeon Thermococcus kodakarensis』が『mBio』にオンラインで公開されました。 [HERE]
2024/07/04: CBBD-OIL副ラボ長・安佛尚志さんが執筆した解説『技術で未来拓く　産総研の挑戦（318）早大と共同ラボ』が日刊工業新聞に掲載されました。 [HERE]
2024/07/02: 生体分子情報解析班の班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Inflammation primes the kidney for recovery by activating AZIN1 adenosine-to-inosine editing』が『The Journal of Clinical Investigation』にオンラインで公開されました。 [HERE]
2024/06/26: 第6回ファーマラボEXPO東京（6/26-28＠東京ビッグサイト）に早大OILとして出展します。アカデミックフォーラムにて安佛副ラボ長が発表を行います（6/27）。招待券を [ここ]から登録・ダウンロードしてカラー印刷・ご持参して入場ください。
[詳細案内] [発表プログラム]
2024/06/18: シングルセルデータ解析班RAの我妻竜太さんが、第22回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会でポスター賞を受賞しました。産総研広報誌『ざ♡らいふ』６ページにインタビュー記事が掲載されています。 [HERE]
2024/06/13: 生体分子情報解析班の本野千恵さんが共著者となっている論文『The origin of esterase activity of Parkinson's disease causative factor DJ-1 implied by evolutionary trace analysis of its prokaryotic homolog HchAe』が『Journal of Biological Chemistry』にオンライン掲載されました。 [HERE]
2024/04/23: CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Individual Atg8 paralogs and a bacterial metabolite sequentially promote hierarchical CASM-xenophagy induction and transition』が『Cell Reports』に掲載されました。 [HERE]
2024/04/23: シングルセルデータ解析班・玉野孝一さんが筆頭著者となっている論文『Double knockout of two target genes via genome co-editing using a nitrate transporter gene nrtA and a putative thiamine transporter gene thiI as selectable markers in Aspergillus oryzae』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』にオンライン掲載されました。 [HERE]
2024/04/15: 元生体分子情報解析班RAの若林佑太郎さんが筆頭著者、同班・曽超さん、同班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Identification of a novel noncoding RNA transcript TISPL upregulated by stressors that stimulate ATF4』が『Gene』に掲載されました。 [HERE]
2024/04/04: 元シングルセルデータ解析班RAの木伏真子さんが筆頭著者、同班の西川洋平さん、細川正人さん、元RAの井手圭吾さんが共著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが責任著者となっている論文『Analysis of microbial dynamics in the soybean root-associated environments from community to single-cell levels』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』に掲載されました。 [HERE]
2024/03/25: 日本農芸化学会2024年度大会（創立100周年記念大会）の附設展示会「バイオビジネスアピールエリア」（3/25-27＠東京農業大学世田谷キャンパス桜丘アリーナ）に早大OILとして出展します。 [詳細案内]
2024/03/21: CBBD-OIL副ラボ長・鴫直樹さんが執筆した解説『技術で未来拓く産総研の挑戦 (303) ～たんぱく質の合成、硫黄修飾が重要な役割～』が日刊工業新聞に掲載されました。 [HERE]
2024/03/08: 元生体分子情報解析班RAの道下瑛陽、同班長の浜田道昭さんが共著者となっている論文『RaptGen-Assisted generation of an RNA/DNA hybrid aptamer against SARS-CoV-2 spike protein』が『Biochemistry』に掲載されました。 [HERE]
2024/03/07: シングルセルデータ解析班の宮崎亮さんが責任著者となっている論文『Gustatory responsiveness of honey bees colonized with a defined or conventional gut microbiota』が『Microbes and Environments』に掲載されました。 [HERE]
2024/03/13: 第4回ファーマラボEXPO大阪（3/13-15＠インテックス大阪）に早大OILとして出展します。アカデミックフォーラムにて鴫副ラボ長が発表を行います（3/13）。招待券を [ここ]から登録・ダウンロードしてカラー印刷・持参頂くか、メールのQRコードを提示してご入場ください。
[詳細案内] [発表プログラム]
2024/01/19: 『実験医学増刊 Vol.42 No.2　あなたのラボから薬を生み出す　アカデミア創薬の実践』（羊土社）の第１章「4. シングルセル/微小組織マルチオミクス解析』を、生体分子情報解析班の由良敬さん、松永浩子さん、同班長の浜田道昭さん、シングルセルデータ解析班の細川正人さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんらが執筆しました。 [HERE]
2024/01/18: 生体分子情報解析班班長の浜田道昭さんが責任著者となっている論文『Deep generative design of RNA family sequences』が『Nature Methods』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「機能性RNAの配列設計を支援する深層生成モデル“RfamGen”の開発」が早稲田大学のホームページに掲載されました。 [HERE]
2024/01/03: シングルセルデータ解析班RAの實野佳奈さんが筆頭著者、同班の西川洋平さん、峯田克彦さんが共著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが責任著者となっている論文『Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere』が『mSphere』に掲載されました。 [HERE]
2023/12/21: シングルセルデータ解析班RAの我妻竜太さんが、第46回日本分子生物学会年会で「MBSJ2023サイエンスピッチ優秀発表賞 / MBSJ2023 Best Science Pitch Award」を受賞しました。 [HERE]
2023/12/19: 生体分子情報解析班の本野千恵さんが共著者となっている論文『Atg15 is a vacuolar phospholipase that disintegrates organelle membranes』が『Cell Reports』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「細胞小器官の膜を溶解する酵素の活性化機構を解明」が産総研ホームページに掲載されました。 [HERE]
2023/12/12: CBBD-OIL副ラボ長・鴫直樹さんが執筆した総説『高度好熱菌由来 tRNA硫黄転移酵素の作用メカニズム』が『極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線』( 株式会社エヌ・ティー・エスから刊行) に掲載されます。極限環境生物分野の専門家66名による、約10年ぶりの大型専門書です。こちら[HERE]から電子試読（無料）も可能です。
2023/12/12: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが筆頭著者となっている論文『DNA conserved in diverse animals since the Precambrian controls genes for embryonic development』が『Molecular Biology and Evolution』に掲載されました。 [HERE]
2023/11/24: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが共著者となっている論文『Cost-effective Cas9-mediated targeted sequencing of Spinocerebellar ataxia repeat expansions』が『Journal of Molecular Diagnostics』に掲載されました。 [HERE]
2023/11/23: 元シングルセルデータ解析班・山﨑美輝さん、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Identification of target cells of human papillomavirus 18 using squamocolumnar junction organoids』が『Cancer Science』に掲載されました。 [HERE]
2023/11/11: シングルセルデータ解析班・峯田克彦さんが責任著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Glutamate-sensing genes are conserved among populations compared to glutamate metabolism genes』が『Annals of Nutrition and Metabolism』に掲載されました。 [HERE]
2023/10/26: 元生体分子情報解析班RAの細田至温さんが筆頭著者、同班長の浜田道昭さんが責任著者となっている論文『Probiotic responder identification in cross-over trials for constipation using a Bayesian statistical model considering lags between intake and effect periods』が『Computational and Structural Biotechnology Journal』に掲載されました。 [HERE]
2023/10/10: 元生体分子情報解析班RAの原快成さんが筆頭著者、同班長の浜田道昭さんが責任著者となっている論文『DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning』が『Frontiers in Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2023/10/09: 生体分子情報解析班RAの小菅将斗さんが、「生命情報科学若手の会第15回研究会」でPacBio / トミーデジタルバイオロジー賞（Best Activator Award）ならびにBIOTA賞（Best NGS Award）を受賞しました。 [HERE]
2023/10/06: シングルセルデータ解析班RAの實野佳奈さんが、オーストラリアで行われた「APMBC（Asia Pasific Marine Biotechnology Conference）2023」で Best session presentation awardを受賞しました。 [HERE]
2023/09/27: シングルセルデータ解析班の古藤日子さんが筆頭・責任著者、元CBBD-OIL PDのPui Shan Wonさん、前CBBD-OIL副ラボ長・油谷幸代さんが共著者となっている論文『Social isolation shortens lifespan through oxidative stress in ants』が『Nature communications』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「アリはなぜ１匹で生きられないのか？」が産総研ホームページに掲載されました。 [HERE]
2023/09/12: シングルセルデータ解析班・細川正人さんが責任著者の論文『Uncultured prokaryotic genomes in the spotlight: An examination of publicly available data from metagenomics and single-cell genomics』が『Computational and Structural Biotechnology Journal』に掲載されました。 [HERE]
2023/09/09: 生体分子情報解析班RAの小菅将斗さんが筆頭発表者となっているポスター、および、元生体分子情報解析班RAの細田至温さん、同班班長の浜田道昭さんが共同発表者となっているポスター（筆頭発表者：早稲田大学・柳本香菜美さん）計２件が2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）で優秀ポスター賞を受賞しました。 [HERE]
2023/09/08: シングルセルデータ解析班・細川正人さんが筆頭・責任著者、同班・西川洋平さんが共著者の論文『Tools for microbial single-cell genomics for obtaining uncultured microbial genomes』が『 Biophysical Reviews 』に掲載されました。 [HERE]
2023/09/05: シングルセルデータ解析班RAの諏訪駿之助さんが、「第75回日本生物工学会大会」で学生優秀発表賞を受賞しました。 [HERE]
2023/08/24: シングルセルデータ解析班の宮崎亮さんが共著者となっている論文『The architecture of metabolic networks constrains the evolution of microbial resource hierarchies』が『Molecular Biology and Evolution』に掲載されました。 [HERE]
2023/08/09: CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Structural basis for cross-group recognition of an influenza virus hemagglutinin antibody that targets postfusion stabilized epitope』が『PLoS Pathogens』に掲載されました。 [HERE]
2023/08/08: 生体分子情報解析班班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Neat1 lncRNA organizes the inflammatory gene expressions in the dorsal root ganglion in neuropathic pain caused by nerve injury』が『Frontiers in Immunology』に掲載されました。 [HERE]
2023/07/19: 生体分子情報解析班・曽超さんが筆頭著者、同班長の浜田道昭さんが責任著者となっている論文『Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines』が『Nucleic Acids Research』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「5種類のヒト培養細胞から新たな1,074種類の難溶性RNAを同定」が早稲田大学ホームページに掲載されました。 [HERE]
The American Association for the Advancement of Science (AAAS)の“EurekAlert!” でも紹介されています。 [HERE]
2023/07/05: 第5回ファーマラボEXPO東京（7/5-7＠東京ビッグサイト）に早大OILとして出展します。アカデミックフォーラムにて安佛副ラボ長が発表を行います（7/6）。招待券を [ここ]からダウンロードして印刷・持参頂くか、URLをコピーしてスマートフォンに画面表示してご入場ください。（名刺1枚必要です）
[詳細案内] [発表プログラム]
2023/06/19: 産総研生命工学領域の広報誌「ざ♡らいふ」6月号に当OILの紹介記事が掲載されました。 [HERE]
2023/06/14: シングルセルデータ解析班RAの平木優到さんが、第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会でポスター賞を受賞しました。 [HERE]
2023/06/13: 第21回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会が6/13,14の２日間開催されます。 [HERE]
6/14のポスターセッションにおいて、鴫副ラボ長およびRA8名が発表を行います。
2023/06/11: CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者、シングルセルデータ解析班・細川正人さんが責任著者となっている論文『Enhancing the sensitivity of bacterial single-cell RNA sequencing using RamDA-seq and Cas9-based rRNA depletion』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』に掲載されました。 [HERE]
2023/06/10: 元生体分子情報解析班・RAの関根光太郎さん、生体分子情報解析班・小野口真広さん、同班長の浜田道昭さんの論文『Transposons contribute to the acquisition of cell type-specific cis-elements in the brain』が『Communications Biology』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「“動くDNA”が哺乳類の脳の進化過程で機能や形態の獲得に貢献するメカニズムを解明」が早稲田大学ホームページに掲載されました。 [HERE]
2023/06/07: 生体分子情報解析班・Martin C. Frithさんが共著者となっている論文『Biallelic structural variations within FGF12 detected by long-read sequencing in epilepsy』が『Life Science Alliance』に掲載されました。 [HERE]
2023/06/03: 生体分子情報解析班・齋藤裕さんが責任著者となっている論文『タンパク質の言語モデル』が『JSBi Bioinformatics Review』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/31: 元シングルセルデータ解析班RAの木伏真子さんが、生物工学学生優秀賞（飛翔賞）を受賞しました。 [HERE]
2023/05/27: 元シングルセルデータ解析班RAの久保昂也さん、堀井俊平さんが共著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが責任著者となっている論文『Single-cell level Raman molecular profiling reveals the classification of growth phases of Chaetoceros tenuissimus』が『Journal of Physical Chemistry B』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/25: 生体分子情報解析班班長・浜田道昭さんが共著者となっている論文『Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery 』が『Briefings in Bioinformatics』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/20: CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『White spot syndrome virus (WSSV) modulates lipid metabolism in white shrimp』が『Communications Biology』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/13: シングルセルデータ解析班・細川正人さんが筆頭・責任著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Target enrichment of uncultured human oral bacteria with phage-derived molecules found by single-cell genomics』が『Journal of Bioscience and Bioengineering』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/11: 生体分子情報解析班班長・浜田道昭さん、同RAの武田淳志さんが共著者となっている論文『Mobile element variation contributes to population-specific genome diversification, gene regulation and disease risk』が『Nature Genetics』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「転移因子多型の疾患リスクを解明－見過ごされてきたゲノム多型に着目し、ゲノム医療に貢献－」が理化学研究所ホームページに掲載されました。 [HERE]
2023/05/11: CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共著者となっている論文『Alzheimer's disease heterogeneity explained by polygenic risk scores derived from brain transcriptomic profiles』が『Alzheimers & Dementia』に掲載されました。 [HERE]
2023/05/10: CBBD-OIL副ラボ長・安佛尚志さん、シングルセルデータ解析班・西川洋平さんが共同筆頭著者、シングルセルデータ解析班・細川正人さんが共著者、CBBD-OILラボ長・竹山春子さんが共同責任著者となっている論文『Combined actions of bacteriophage-encoded genes in Wolbachia-induced male lethality』が『iScience』に掲載されました。 [HERE]
プレスリリース「オス殺し細菌の進化を支えたバクテリオファージの発見」が東京農工大学ホームページに掲載されました。 [HERE]
2023/05/08: シングルセルデータ解析班の宮崎亮さんが責任著者、古藤日子さんが共著者となっている論文『Basic structures of gut bacterial communities in eusocial insects』が『Insects』に掲載されました。 [HERE]
2023/04/21: シングルセルデータ解析班・玉野孝一さんが筆頭・責任著者となっている論文『Editorial: The use of metabolic engineering techniques to increase the productivity of primary and secondary metabolites within filamentous fungi』が『Frontiers in Fungal Biology』に掲載されました。 [HERE]
2023/04/21: 生体分子情報解析班・齋藤裕さんが共著者となっている論文『A multiomics atlas of brown adipose tissue development over time』が『Endocrinology』に掲載されました。 [HERE]
2023/04/06: シングルセルデータ解析班・宮崎亮さんが共著者となっている論文『Inference of transcriptome signatures of Escherichia coli in long-term stationary phase』が『Scientific Reports』に掲載されました。 [HERE]
2023/04/01: シングルセルデータ解析班・玉野孝一さんが筆頭・責任著者となっている論文『Overexpression of a predicted transketolase gene and disruption of an α-1,3-glucan synthase gene in Aspergillus oryzae DGLA3 strain enhances the yield of free dihomo-γ-linolenic acid』が『Bioscience, Biotechnology & Biochemistry』に掲載されました。 [HERE]
2023/04/01: 2023年4月1日付で、副ラボ長に鴫直樹さんが就任しました。

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