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糖鎖関連オミクスデータへの入口:糖鎖科学ポータル

分子細胞マルチオミクス研究グループは、創価大学、新潟大学、野口研究所と協力して、糖鎖科学研究推進のための糖鎖科学ポータルGlyCosmosを開発し、Nature Methods誌に論文発表しました。このWebポータルから、糖鎖研究に関連するオミクスデータやレクチン、疾患、糖鎖抗原など各種データベースに簡単にアクセスすることができます。  産総研では、(旧)糖鎖医工学研究センター(成松久センター長)において、糖転移酵素、レクチン、糖タンパク質、糖鎖質量分析データなどのデータベースを独自に開発し、2007年から、日本糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)の協力の下、日本国内の糖鎖関連データベースを統合する文部科学省/科学技術振興機構(JST)プロジェクトを推進し、さらに2014年からは統合化推進とともに国際化を目指し糖鎖科学データベースのオントロジー開発、RDF化などを推進してきました。2018年からはJST「ライフサイエンスデータベース統合推進事業:糖鎖科学ポータルの構築」(研究代表者・創価大学・木下聖子教授)の一環として「ACGG-DBの機能拡張とGlyCosmos portalとの連携およびアジア地域との連携」を推進し、今回の成果につながりました。

産総研は自ら開発した技術で取得したデータやオントロジーを用いて、GGDB, GlycoProtDB, LfDB, LM-GlycomeAtlas, GDGDB, PACDBを開発してGlyCosmos と協力しています。

 

(この図はGlyCosmos Portal v1.3.1の画像を改変して作成したものです。)

プレスリリース(JST)
糖鎖関連オミクスデータを網羅的に統合した世界初の糖鎖科学ポータルGlyCosmosを開発 (https://www.jst.go.jp/pr/announce/20200623-2/index.html)

共同研究機関
創価大学 理工学部 糖鎖生命システム融合センター、野口研究所、新潟大学 大学院医歯学総合研究科、産業技術総合研究所 細胞分子工学研究部門

投稿論文
論文タイトル :The GlyCosmos Portal: a unified and comprehensive web resource for the glycosciences
著 者 :Yamada I, Shiota M, Shinmachi D, Ono T, Tsuchiya S, Hosoda M, Fujita A, Aoki NP, Watanabe Y, Fujita N, Angata K, Kaji H, Narimatsu H, Okuda S, Aoki-Kinoshita KF.
雑誌、DOI : Nat Methods. 2020 Jul;17(7):649-650. doi: 10.1038/s41592-020-0879-8.

関連記事
・Glycoforum: 複合糖質のデータベース (https://www.glycoforum.gr.jp/article/23A2J.html)
・日経新聞 2020年06月23日:創価大・野口研究所・新潟大など、糖鎖科学ポータル GlyCosmosを開発 (https://www.nikkei.com/article/DGXLRSP536300_T20C20A6000000/)

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