当チームは鎌形（研究部門長）を中心として編成された分野横断的な研究チームであり以下のような研究を行っている。

1. 未知微生物資源の探索・機能解明に関する研究：
   最新の分子生態学的手法と独自に開発した分離培養手法を駆使することで、未知環境微生物の実体を解明し、微生物生態機能の統一的理解を目指す。
2. 植物-微生物間相互作用を利用した作物病防除システムの開発研究：
   植物病害微生物の分子追跡に基づく土壌の遺伝子診断システムを構築するとともに病害を防除する微生物資材の開発を行う。
3. バイオマスの有効活用に関する研究：
   セルロース資源からエタノールや軽油代替燃料の生産に資する環境微生物の探索、農産廃棄物の有効活用に関する研究を行なう。