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関連サイト
連絡先
〒135-0064
東京都江東区青海2丁目4番7号
独立行政法人 産業技術総合研究所
バイオメディシナル情報研究センター
2011年より代表番号が変わりました
電話：03-3599-8100
FAX：03-5530-2064
mail：birc_webmaster@m.aist.go.jp
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Functional RNomics Team
研究チーム長： 廣瀬 哲郎
機能性RNA解析分野では、近年のトランスクリプトーム解析によって存在が明らかにされたタンパク質をコードしない
ノンコーディングRNAについての基盤的な知見の獲得、産業応用に有用な機能性RNAの発見と機能解析を行ないます。
バイオインフォマティクスを駆使した解析ツールの開発、微量RNAを解析する技術開発、さらにはそれらの手法を駆使した機能解析を展開しています。
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担当：
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廣瀬 哲郎 研究チーム長
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佐々木 保典 主任研究員
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鴫 直樹 研究員
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（1）
タンパク質をコードしないノンコーディングRNAの多面的な機能解析を通して、RNAが持つ新規な生理機能や遺伝子発現制御機構の発見と、
疾患や再生分化などに関わる重要な機能性ノンコーディングRNAの探索を行ないます。
（廣瀬チーム長、佐々木主任研究員）
（2）
機能性RNAは転写されたのちスプライシングや化学修飾などの複雑なプロセシング受けその機能を発揮します。
生命の基盤を支えるタンパク質合成系で機能する転移RNA（tRNA）について、その生合成機構と機能解析を行います。
（鴫研究員）
（1）
ヒト完全長cDNA配列情報から選別したノンコーディングRNAの細胞内局在、発現特異性の情報を取得。
細胞核内に局在するノンコーディングRNAを効率よく機能破壊する新規解析系を取得。
（廣瀬チーム長、佐々木主任研究員）
（2）
原核生物をモデルとしたtRNA硫黄修飾塩基の生合成遺伝子群の同定、硫黄化反応の生化学的解析、硫黄修飾塩基の機能解析。
原核生物（好熱性真正細菌）におけるユビキチン類似分子によるタンパク質翻訳後修飾現象の発見、機能解析。
（鴫研究員）
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2012
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Post-translational modification of cellular proteins by a ubiquitin-like protein in Bacteria.
J Biol Chem. in press.
Shigi N.
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Architectural roles of long noncoding RNAs in the intranuclear formation of functional paraspeckles.
Frontier in Bioscience. 2012 Jan 1;17: 1729-46.
Kawaguchi, T., Hirose, T.
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2011
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Taurine-containing uridine modifications in tRNA anticodons are required to decipher non-universal genetic codes in ascidian mitochondria.
J Biol Chem. 286, pp.35494-35498.
Suzuki T, Miyauchi K, Suzuki T, Yokobori S, Shigi N, Kondow A, Takeuchi N, Yamagishi A, Watanabe K.
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Paraspeckles are subpopulation-specific nuclear bodies that are not essential in mice.
J. Cell Biol. 193, 31-39.
Nakagawa, S., Naganuma, T., Shioi, G., Hirose, T.
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Gas5 gene. version 2.
Encyclopedia on Human Genome. e1-5.
Hirose, T.
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2010
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Thymus-specific noncoding RNA, Thy-ncR1, is a cytoplasmic riboregulator that facilitates hUPF1-dependent degradation of MFAP4 mRNA in specific T-cell leukemia cells.
BMC Mol Biol. 11, 99.
Aoki, K., Harashima, A., Sano, M. Yokoi, T., Nakamura, S., Kibata, M. Hirose, T.
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Emerging roles of noncoding RNAs in subcellular architecture and gene expression. RNA technologies & Their applications.
RNA technologies & Their applications. Springer, 369-391.
Hirose, T.
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2009
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Efficient oligonucleotide-mediated degradation of nuclear noncoding RNAs in mammalian cultured cells.
RNA. 15, 1578-1587.
Ideue, T., Hino, K., Kitao, S., Yokoi, T., Hirose, T.
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MEN ε / β noncoding RNAs are strucutural integrator of the nuclear body, paraspeckle.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106, 2525-2530.
Sasaki, Y.T., Ideue, T., Sano, M., Mitsuyama, T., Hirose, T.
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How to build paraspeckles?
Genome Biol. 10, 227.1-227.5.
Sasaki, YT., Hirose, T.
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Transcripts of unknown function in multiple-signaling pathways involved in human stem cell differentiation.
Nucleic Acid Res. 37, 4987-5000.
Kikuchi, K., Fukuda, M., Ito, T., Inoue, M., Yokoi, T., Chiku, S., Mitsuyama, T., Asai, K., Hirose, T., Aizawa, Y.
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Biogenesis and functions of thio-compounds in transfer RNA: comparison of bacterial and eukaryotic thiolation machineries.
DNA and RNA modification enzymes. Landes Bioscience, 395-408
Noma A., Shigi N., Suzuki T.
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2008
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Common thiolation mechanism in the biosynthesis of tRNA thiouridine and sulphur-containing cofactors.
EMBO J. 27, 3267-3278.
Shigi, N., Sakaguchi, Y., Asai, S., Suzuki, T., Watanabe, K.
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2007
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Introns play an essential role in splicing-dependent formation of the exon junction complex.
Genes & Dev. 21, 1993-1998.
Ideue, T., Sasaki, Y.T., Hagiwara, M., Hirose, T.
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Tissue-specific splicing regulator Fox-1 induces exon skipping by interfering E complex formation on the downstream intron of human F1γ gene.
Nucleic Acids Res. 35, 5303-5311.
Fukumura, K., Kato, A., Jin, Y., Ideue, T., Hirose, T., Kataoka, N., Fujiwara, T., Sakamoto, H., and Inoue K.
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The Interaction between Cap-binding Complex and RNA Export Factor Is Required for Intronless mRNA Export.
J Biol Chem. 282, 15645-15651.
Nojima, T., Hirose, T., Kimura, H., Hagiwara M.
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Identification and characterization of human non-coding RNAs with tissue-specific expression.
Biochem Biophys Res Commun. 357, 991-996.
Sasaki, Y.T., Sano, M., Ideue, T., Kin, T., Asai, K., Hirose, T.
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Coordinated expression of ncRNAs and HOX mRNAs in the human HOXA locus.
Biochem Biophys Res Commun. 357, 724-730.
Sasaki, Y.T., Sano, M., Kin, T., Asai, K., Hirose, T.
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Translation of psbC mRNAs starts from the downstream GUG, not the upstream AUG, and requires the extended Shine-Dalgarno sequence in tobacco chloroplasts.
Plant Cell Physiol. 48, 1374-1378.
Kuroda, H., Suzuki, H., Kusumegi, T., Hirose, T., Yukawa, Y., Sugiura, M.
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2006
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A spliceosomal intron binding protein, IBP160, links position-dependent assembly of intron-encoded box C/D snoRNP to pre-mRNA splicing.
Mol Cell. 23, 673-684.
Hirose, T., Ideue, T., Nagai, M., Hagiwara, M., Shu, M-D., Steitz, J.A.
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Identification of two tRNA thiolation genes required for cell growth at extremely high temperatures.
J Biol Chem. 281, 14296-14306.
Shigi, N., Sakaguchi, Y., Suzuki, T., Watanabe, K.
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Temperature-dependent biosynthesis of 2-thioribothymidine of Thermus thermophilus tRNA.
J Biol Chem. 281, 2104-2113.
Shigi, N., Suzuki, T., Terada, T., Shirouzu, M., Yokoyama, S., Watanabe, K.
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Mechanistic insights into sulfur relay by multiple sulfur mediators involved in thiouridine biosynthesis at tRNA wobble positions.
Mol Cell. 21, 97-108.
Ikeuchi Y., Shigi N., Kato J., Nishimura A., Suzuki T.
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